Illustrator2020以降の環境設定には「バックグラウンドで保存」「バックグラウンドで書き出し」という設定があります。ファイルを保存しながら続きの作業をしたりできる機能らしいのですが、この機能は不具合が多いためオフに（チェックをはずす）してください。

IllustratorCC以降の機能に「出力で白のオーバープリントを破棄」というものがあります。
間違って白のオブジェクトにオーバープリントを設定してしまっても、印刷時に白オブジェクトや白文字が消えてしまわないようにできる、という便利な機能なのですが、「バックグラウンドで保存」にチェックが入っていると「白のオーバープリントを破棄」が無視されるという不具合が存在します。DTPでは過去にこれが原因で事故が発生しています。

これ以外にもバックグラウンド操作による問題や不具合は存在します。「バックグラウンドで保存　不具合」などのキーワードで検索すると、注意をうながすWebページがたくさんヒットするので確認してみてください。記事執筆時点で最新のIllustrator2024でも不具合が報告されています。

ともかくIllustratorの「バックグラウンドで保存」「バックグラウンドで書き出し」は必ずチェックをはずすよう注意してください。